Depuis que les mutants ont été décimés par la Sorcière Rouge, les X-Men doivent protéger ce qu'il reste de leur espèce.
Ainsi, l'équipe de Malicia affronte un adversaire qui élimine méthodiquement les derniers mutants, tandis que le groupe de Diablo enquête sur les Morlocks, avec l'aide de Tornade.