Quand Clay Jannon est embauché dans la librairie de l'étrange M Pénombre, il découvre un lieu aussi insolite que son propriétaire, et fréquenté par les membres d'un drôle de club de lecture. Ceux-ci débarquent toujours en pleine nuit pour emprunter l'un des très poussiéreux volumes relégués au fond de la boutique. Volumes que M Pénombre a formellement interdit à son nouvel employé de consulter. Clay finit pourtant par succomber à sa curiosité et découvre que ces livres sont tous écrits en code.
Quelle obscure révélation renferment-ils ? Cédant à l'appel du mystère, Clay s'attaque à "l'énigme du Fondateur" avec l'aide de son colocataire, de son meilleur ami et de son amoureuse, ingénieure prodige chez Google. Les quatre amis se lancent alors dans une quête qui les mènera bien au-delà des murs de la petite librairie. De San Francisco à New York, ils se trouveront aux prises avec une société occulte d'érudits légèrement allumés, un codex indéchiffrable, un génial typographe du XVe siècle et, qui sait, le secret de l'immortalité.