Lorsque la guerre qui décidera du destin de la galaxie éclate, les Chevaliers Jedi doivent livrer leur plus dur combat à la tête d’une armée de Clones qui représente l’ultime espoir d’une République vacillante.
La Guilde des Chasseurs de Primes se retrouve dans la ligne de mire d’une section d’assaut spéciale menée par Mace Windu, pour avoir accepté de pourchasser des Chevaliers Jedi en dépit des accords de non agression entre les deux factions. Pendant ce temps, Anakin Skywalker fait l’apprentissage de la notion de sacrifice de la vie au profit d’une cause plus importante.